No IM-UFRJ existem vários laboratórios que atendem a finalidades específicas:
- Laboratório de Computação Ubíqua (Ubicomp)
- Centro de Referência para Sistemas (complexos) de Gestão de Emergências
- Metodologias e Arquiteturas de Sistemas Inteligentes (MASI)
- InformAção - Informação para Ação
- Laboratório de Tecnologias de Interação e Comunicação
- Laboratório de Computação Social e Análise de Redes Sociais (Lab CORES)
- Laboratório de Pós-Graduação em Estatística (LPGE)
- Laboratório de Sistemas Estocásticos (LSE)
- Laboratório de Ciência de Dados
- Laboratório de Matemática Aplicada (LABMA)
- Laboratório de Matemática Aplicada à Área de Petróleo (LabMAPetro)
- Laboratório de Análise Não-Linear (LAN)
- História e Epistemologia da Matemática e da Física (PEMAT-UFRJ)
- Laboratório de Pesquisa e Desenvolvimento em Ensino de Matemática e Ciências (LIMC)
- Laboratório de Tecnologias, Inclusão, Matemática e Educação