A menor fração da estrutura da Universidade é o Departamento. Sua responsabilidade é planejar, executar e coordenar a pesquisa e o ensino na sua área de conhecimento. Cabe a ele a orientação didática das disciplinas.
Existem três departamentos no IM-UFRJ:
Chefes De Departamento
- Chefe do Departamento de Matemática | Prof. Isaia Nisoli
- Chefe do Departamento de Matemática Aplicada | Prof. Gregório Malajovich
- Chefe do Departamento de Métodos Estatísticos | Profª. Marina Paez
- Diretora Adjunta das Relações Internacionais | Stefanella Boatto
