Matemática Pura e Aplicada (ver também o Programa de Pósgraduação em Matemática)
- Álgebra
- Análise/Equações Derivadas Parciais
- Física Matemática
- Geometria Diferencial
- Matemática Computacional
- Probabilidade
- Sistema Dinâmicos
- Teoria Geométrica das Folheações
- Ensino e História de Matemática (ver também o Programa de Pós-Graduação em Ensino de Matemáticade Pós-Graduação em Ensino de Matemática)
Métodos Estatísticos (ver também o Programa de Pós-Graduação em Estatística)
- Amostragem de População Finita
- Análise de Sobrevivência e Confiabilidade
- Econometria e Atuária
- Estatística Espacial e Modelos Espaço-Temporais
- Modelos Hierárquicos e Dinâmicos
- Probabilidade e Processos Estocásticos
- Teoria dos Valores Extremos
Ciência da Computação (ver também o Programa de Pós-Graduação em Informática)
- Algoritmos e Métodos Numéricos
- Modelos e Arquiteturas para Sistemas Inteligentes
- Redes de Computadores e Sistemas Distribuídos
- Sistemas de Informação
- Informática na Educação
- Gestão e Análise de Sistemas Complexos Gestão e Análise de Sistemas Complexos
- Sistemas Complexos Adaptativos Sistemas Complexos Adaptativos